Pondok Pesantren Salafiyyah Nurussa’adah Pakuhaji adalah pondok pesantren yang mengkaji "kitab-kitab kuning" (kitab kuno). identik dengan pesantren tradisional (klasik) yang berbeda dengan pesantren modern dalam hal metode pengajaran dan infrastrukturnya. Di pesantren salaf, hubungan antara Kyai dengan santri cukup dekat secara emosional. Kyai terjun langsung dalam menangani para santrinya.

Bentuk asli dari Pesantren Salafiyah Nurussa’adah Pakuhaji sama dengan Pesantren-Pesantren Salaf lainnya. Yaitu sejak munculnya pesantren, format pendidikan pesantren bersistem salaf. Kata salaf merupakan bahasa Arab yang berarti terdahulu, klasik, kuno atau tradisional. Namun dalam hal ini Pesantren Salafiyyah Nurussa’adah Pakuhaji beradaptasi dan mengkombinasikan sistem pembelajaran modern. Dalam klasifikasi tipe pesantren dilingkungan Kemenag, disebut sebagai Pesantren Kombinasi bukan Pesantren Salaf Murni, karena dikombinasikan dengan pendidikan formal yaitu Madrasah Ibtidaiyyah (MI/SD), Madrasah Tsanawiyyah (MTs/SLTP) dan Madrasah Aliyah (MA/SLTA) atau kedepannya pendidikan formal umum lainya seperti Sekolah Menengah Kejurusan (SMK/SLTA) dan Sekolah Teknik Menengah (STM/SLTA).

Dengan mengombinasikan pendidikan pesantren dan Madrasah merupakan solusi cerdas untuk menyikapi kelemahan yang ada pada sekolah dan pesantren. Integrasi dari kedua kelebihan sistem pendidikan ini diharapkan mampu melahirkan manusia Indonesia yang handal, memiliki integritas intelektual, spiritual, serta berwatak plural dan multikultural, menghargai hak dan kewajiban dalam kehidupan bermasyarakat, bernegara, berbangsa serta mampu bersaing di era globalisasi tanpa harus meninggalkan karakter bangsa.

Metode belajar mengajar di pesantren salafiyyah Nurussa’adah Pakuhaji terbagi menjadi dua yaitu metode Sorogan dan metode Balaghan. Metode Sorogan adalah sistem belajar mengajar di mana santri membaca kitab yang dikaji di depan ustadz atau kyai. Sedangkan sistem Balaghan adalah kyai membaca kitab yang dikaji sedang santri menyimak, mendengarkan dan memberi makna pada kitab tersebut.

Metode Sorogan dan Balaghan merupakan metode klasik dan paling tradisional yang ada sejak pertama kali lembaga pesantren didirikan dan masih tetap eksis dan dipakai sampai saat ini. Adapun metode Balaghan adalah metode sistem kelas yang tidak berbeda dengan sistem modern. Hanya saja bidang studi yang diajarkan mayoritas adalah keilmuan agama.

Kultural yang ada dalam Pesantren Salafiyyah Nurusa’adah Pakuhaji khususnya dan pada umumnya Pesantren Salaf, antara lain:

1. Santri lebih hormat dan santun kepada kyai, guru dan seniornya.
2. Santri senior tidak melakukan tindak kekerasan pada yuniornya. Hukuman atau sanksi yang dilakukan biasanya bersifat non-fisikal seperti dihukum mengaji atau menyapu atau mengepel, dan lain sebagainya.
3. Dalam keseharian memakai sarung.
4. Berafiliasi kultural ke Nahdlatul Ulama (NU) dengan kekhasan fikih bermadzhab Syafi’i, akidah tauhid bermadzhab Asy’ariyah atau Maturidiyah, dan mengajarkan ilmu tasawuf seperti karya Al-Ghazali dan lainnya. Amaliyah khas seperti shalat tarawih 20 rakaat plus 3 rakaat witir pada bulan Ramadan, membaca qunut pada shalat Subuh, membaca tahlil pada tiap malam Jum’at, peringatan Maulid Nabi atau melakukan pembacaan kitab-kitab maulid, peringatan Isra' Mi'raj, dan semacamnya.
5. Sistem penerimaan santri tanpa seleksi. Setiap santri yang masuk langsung diterima. Sedangkan penempatan kelas sesuai dengan kemampuan dasar ilmu agama yang dimiliki sebelumnya.

Santri Pesantren Salafiyyah Nurusa’adah Pakuhaji khususnya dan pada umumnya Pesantren Salaf memiliki kualitas keilmuan, antara lain :

1. Menguasai kitab kuning atau literatur klasik Islam dalam bahasa Arab dalam berbagai disiplin ilmu agama.
2. Menguasai ilmu gramatika bahasa Arab atau Nahwu, Sharaf, balaghah (maany, bayan, badi’), dan mantiq secara mendalam karena ilmu-ilmu tersebut dipelajari serius dan menempati porsi cukup besar dalam kurikulum pesantren salaf di samping fikih madzhab Syafi’i.
3. Dalam memahami kitab bahasa Arab santri salaf memakai sistem makna gundul dan makna terjemahan bebas sekaligus.
4. Kombinasi keilmuan dengan pengetahuan umum, santri dapat memahami bahasa inggris, fisika, matematika dan keterampilan seni lainnya.

---